《星之海洋:记忆》故事背景为宇宙历539年,时空纹章的战斗2年后银河联邦和Kronos进行战后处理,联邦享受和平。但一架探索深宇宙的联邦所属GFSS-3214F探查戦斗舰被3架宇宙海贼在归还的时候袭击,船受重创,除了舰长自己之外的船员都登上逃生船离开,舰长为了保护舰而进行紧急亚空间跳跃,但最终失败而传送到一个不属于联邦管理的宇宙。掌握到自己情况的舰长到舰外探索在这个没有人的荒野上遇到危险的生物追着一个少女,到绝境的时候少女使用了纹章术脱离了困境,到了行星的卫星轨道上。在回到地球这一条接近无限的路程上,有着例如少女使用的纹章术等的多种问题回去的旅程现在就开始!