现代科技的发展已是大大超越了以往世界所能够承载的速度,从科技文明的开端到现代的科技,经历的无数战争与无数次科技发展,海军舰队也早已从早时的钢铁怪兽进化成为人类一样存在的科技体,人们称其为——舰娘。舰娘是帮助人类守卫大海,护卫世界的重要力量,但却有着另一种力量与其抗衡,势要从人类的手中抢过世界的主导权,她们同是舰娘,但却拥有与之不同的黑暗力量,她们既是舰娘,又非舰娘,是舰娘死后对人类,对战争的怨恨产生的亡灵实体,人们称其为——深海舰队。从最终的战事结束后,人类一直处于平稳发展,经历了十七年的快速发展,人类的科技已经处于前所未有的顶峰,深海舰队销声匿迹了一般,已经有十七个年头没有在人类的世界中出现。被总督捡回来的孤儿妍月也已经十七岁了,独自成长的道路上没有朋友,没有父母,也没有任何的亲人,直到进入了海军学院,才结识到了一生的挚友,奥菲利亚。