故事发生在人类的旧文明毁灭一百万年之后。此时地球上的人口只剩下五十万,分散在一些很零散的聚集点中,而海中和陆地的森林深处存在着名为守护兽的,以阻止人类文明再次过度发展为任务的凶猛怪兽。故事的主角,少女林奈所生活的村庄被守护兽毁灭,她和她的两位旧友-波义耳与哥白尼-不得不踏上了旅途。事实上她们都做了同一个关于旧文明毁灭的梦,那就是在旧文明的鼎盛时期,人类曾与名叫‘至高“的地球意识的实体和平相处,并通过至高的分配而维持着绝对平等。只是之后,打破这种平等的契机发生了,人们开始互相杀戮,并因此激怒了”至高“并促使其几近毁灭了人类。而现在”至高“就沉睡在冰层之中。所以寻找”至高“并平息它的愤怒便成了少女们的任务,然而真相却不这么简单......“自然辩证法”原是弗雷德里克-恩格斯所著的哲学著作。书中讨论了自然界中所发生的变化的一般规律,并在最后几章探讨了人与自然的关系以及人的发展。本书中的人物以恩格斯在“自然辩证法”的开头所提到的近代以来的著名科学家的名字命名,而同时以自然辩证法中后半部分的部分思想为主题。