Deus Ex迷们还记得在大部分游戏的过程中角色都会升级，这次设计者们使用的"biomod"系统将具有更大的灵活性。一旦你选择了一个biomod，它将会随你一起进行游戏。在Invisible War中，你可以把旧的技能“写”上以便于学到新的技能。这个系统有个缺点就是每个biomod只有三个等级，则意味着一旦你写上一个新的技能，你就会失去另一个特定的技能。管理biomods, 武器, 和仓库的界面很有趣，它是一个环形的条暗示这实际上是在Alex D的眼睛中留下的印象。那些对这个新界面有所怀疑，认为它看起来太突兀的人们现在可以放心了，因为它能够很容易地与行动相结合，以及能够很方便快速地操作。而且，它的颜色和透明度都可以调整，因此你可以对其进行必要的调整。
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