由于孩提时代总是陷于种种不明恐慌和奇妙事件,主人公皋月驱一直被闭锁在孤儿院中,与姐姐相依为命。但是随后姐姐却自杀,失去姐姐的主人公皋月驱过着颓废的生活。之后他被以前领养了孤儿园朋友的水奈由佳一家所领养。
终于等到了可以过上平常生活的驱,却在某天突然看到他的周围是一片赤红色的废墟。而先前还是熙熙攘攘的的街道完全的消失了,看上去就像一个死一般寂静的世界。
同样被卷入这个世界的还有其他四名少年少女,汇集后的他们得知一班黑骑士们企图毁灭他们,为了生存,了为了结束“赤红之夜”,他们展开了与黑骑士们的战斗。
《11eyesCrossOver~交错的视线》除了保留原本“罪与罚与赎罪的少女”篇之外,还新增男主角“天见修”及新增剧本“虚空镜界”篇,使游戏成为双主角交错进行的故事。