这是于前作结束100年后的故事
主角是一位高中一年生,一天放学回家时,突然被一团光包围着,然后就带到称为「京」的异世界去了。
那时候的京,正分为帝和院(前任的帝)两股势力,就连贵族甚至平民都分成帝派和院派。另一方面,花梨虽是被龙神挑选出来的龙神之神子,负上拯救京的责任,但为了守护神子而被选出来的八叶,却并不认同花梨是神子,而且八人之间亦因为分裂成两个政治党派而彼此不和。
花梨一边要令八叶成为自己的伙伴,一边则为拯救京而努力
◆烦恼的恋爱
跟前作一样,游戏流程会分为主流故事与及跟八叶之间的恋爱故事两部分。不过于遥2中,因加入院帝两股势力的政治元素,令神子在偏向其中一方时,另一方的八叶便会视神子为反对派,虽然还未至于变成敌人,但其好感度则肯定极之低落。在这样持相反意见的情况下,要跟另一方的八叶提升好感度,实在颇具难度。这就是所谓的「烦恼恋爱模式」了。
◆新战斗应援系统
于京的周围散策遇上怨灵时便会进入战斗画面,战斗形式基本上没什么改变,但在替八叶应援时,可因应八叶的性格,向同一八叶连续说两句不同的应援合词,组合得宜的话便可达成「应援COMBO」,使该八叶的集中力得到大量提升。