《少女咖啡枪》的故事梗概:
春季,一年中最美的盛景。在繁茂绚烂的樱花背后,一片乌云悄无声息地遮蔽了天空。
正在课堂打瞌睡的少年A被妹妹洛可可惊慌地从奇怪的梦中唤醒后,才发现世界已经变成了怪物们血腥的捕食场:人形面具怪肆意吞噬人类,从学校到街头遍地疮痍。少年A那时还不知道,在死亡阴影笼罩下,各国纷纷拉响警报,进入紧急备战状态。这就是后来被命名为“大爆发”的事件。
秩序被损毁,生命被践踏,昔日安宁的生活瞬间不见了踪影。二人勉强突破迷之面具怪的重重包围,磕磕绊绊地从学校逃往少年A打工的“萌之屋”咖啡馆。
曾被改造成紧急避难所的“萌之屋”地下室是合适的作战基地。在奇怪的命运羁绊变化之时,另外五位少女陆续来到咖啡馆,组成一支战力可观的队伍。
少年A因其精通战术的军宅身份以及曾在咖啡馆打工的服务生身份,被“萌之屋”老板旦塔林任命为店长,从此经营店面、统筹战术、研究武器、建设团队(打杂)……
少年少女们在笑闹温馨的咖啡馆和残酷险恶的战场间辗转。而随着为了生存的战斗推进,“大爆发”原因被揭开、少年A的身世也有了眉目。至此,来自各方势力的觊觎与追逐,围绕着少年A展开了永不停息的争夺之战……