这是一个在重重危机中激发热血与勇气的故事。MMOARPG手游《忍者大乱斗》在魔神复仇的阴影中开始冒险，PVP混战，以一敌众抛洒热血，跨服3v3，挑战全新对手。在战斗中结识朋友，羁绊就此开始，入公会 ，同抗敌，一起观赏焰火情义长存。更有萌宠相助，应对危机不孤单。

上古时代，从世界旋涡中的精气里凝练出创世父神。父神按照自己的样子创造了一批次生神，赐予神力。其中最受父神宠爱的神祗名为加纳，被赐予诸多神力。以天照大神为首的一批次生神嫉妒加纳受宠，设计使父神和加纳渐生罅隙。

父神为分权，将世界一劈为三，众神居高天原，人类与众生灵居苇原，加纳则被逐入贫瘠苦寒的黄泉之地。

不甘的加纳驱使多个效忠他的种族，奋起反抗。这场被后世称为神魔大战的旷世对决，以加纳败退，神魂飞散为终结。转而成为高天原之首的天照，被人类奉为大神虔诚供奉，而加纳则在口口相传中沦为罪孽深重的魔神，被万人唾弃。

又不知过了千百年，各地妖魔作乱的事件频发，更不乏众多可以号令邪祟的大妖怪现世。人人自危，坊间盛传神魂飞散的魔神加纳即将复活，报复当年帮助天照打败自己的人类。但这一次，人类对天照神社的虔诚祈祷，却没能换回大神的怜悯。一些身负绝技的阴阳师和巫女们，自发组成御灵院，对抗妖物。

主角身为天狗(男)/九尾(女)一族后人，先祖曾在神魔大战中效忠天照一方，誓要驱逐魔王加纳。如今妖魔之乱再起，主角义不容辞地踏上降魔之路。

在被妖物入侵的小镇樱见村，主角在神秘少女的引导下，将围攻神社的妖魔驱散，帮助走散的小萝莉找到哥哥，以自身的实力得到神社巫女的信任，并与之签订契约，获得了降魔道路上的第一个重要伙伴。

因村中的妖物组织严密，一时难以打败，主角和巫女前往隐藏在山涧中的绿竹道场求助。不料高手如云的道场，竟也遭到妖物的攻击，还因大意轻敌损失惨重。道场主真田龙平非常自责，破例将家传的心法传授给主角后，自己踏上了重新修行的道路。主角在帮助真田道场赶走入侵者的过程中，结识了妖狐族的小正太三十郎，从三十郎处得知了很多魔王加纳的消息。客居在绿竹道场的阴阳童子，派喵式神将自己珍藏的星盘赠与主角，帮助主角除掉了绿竹道场祸乱的魁首鬼武士。众人从镇压鬼武士的封印被破坏等异样中推断出魔王加纳已经开始行动，事态紧急，主角匆匆前往中都主城向城主汇报。

繁盛的京都一派祥和景象，相当自信的城主对主角汇报的情况不以为然，将主角轰了出来。好在主角以此为契机，结识了御灵院的领导者健次郎，并受邀加入御灵院。御灵院正缺少人手调查最近降雨增多的异象，主角主动前往。同为御灵院成员的野蛮少女奈奈生，为使爱慕的健次郎增加对自己的关注，也主动请缨前往。

众人来到中都附近的港口城市大须贺津，这里已经成为一片泽国。接连的降雨使得海水暴涨，无法出海的老渔夫愁眉不展。而被海浪带到岸边，还变得凶狠异常的水族，让老渔夫想起名叫海坊主的大妖怪的传说。在调查真相的过程中，主角帮助可爱的团三郎救回了被海坊主控制的朋友河童君，偶遇了与三十郎有过婚约的娇俏新娘狐花嫁姑娘，经历种种艰辛，终于打败了隐藏在此为害一方的大妖怪海坊主。

但一切都还没有结束，隐藏在暗处的魔神加纳，还谋划着怎样的诡计?还会给主角带来怎样的难题?所有谜团都将在后续的探险中一一揭开。